重器重用 超级算力加速新冠病毒基因组特性研究

正如深圳国家超级计算中心主任冯所说,“科学防疫的每一个环节都需要超级计算的支持”

3月3日,英特尔、联想和BGI宣布,他们正在合作加快COVID-19新型冠状病毒的基因组分析。通过这种合作,BGI将能够继续优化其新型冠状病毒检测试剂盒,并获得大量有价值的信息,这有助于确定开发有效疫苗或治疗方法的潜在目标。

联想集团高级副总裁兼企业技术集团总裁童福耀表示,“英特尔和联想的大数据分析及健康与生命科学专家将整合我们的资源和专业技术,帮助解决当前严峻的挑战,推动健康与生命科学的发展进程。”

在英特尔和联想为华大基因提供的包括硬件、软件、交付和服务在内的端到端解决方案中,大规模高性能计算(HPC)集群用于处理从华大DNBSEQ-T7测序系统读取的高通量数据,支持科学家研究病毒毒性、传播模式、病原体与宿主之间的相互作用,并进一步协助流行病学和疫苗设计研究。这些努力对于未来创造更好的诊断方法和设计有效的疫苗或其他保护措施(如免疫疗法)至关重要。

在软件方面,通过英特尔和联想的共同努力,由联想超级计算技术支持和优化的“基因组优化和扩展工具”(GOAST,英特尔选定的解决方案验证的第一个基因组分析工具),可以为全基因组测序和全外显子测序的计算提供高达40倍的加速,帮助BGI更快地生成可靠的基因组分析结果,缩短科学研究和临床观察的时间。

英特尔市场营销副总裁兼中国区总经理王瑞表示,“华大基因需要投入巨大的计算资源,通过分析病毒基因组数据来加速感染者的快速识别和基因组特征的研究,这正是我们可以发挥作用的地方。”

在基因测序中,每毫升体液通常包含数百万个不同的病毒体,而每个病毒体的基因组包含大约30,000个DNA碱基或字母。华大基因目前对受感染和疑似受感染患者的微生物基因测序研究将产生大量的结核水平甚至PB水平的数据。“华大基因已经对数百个临床样本进行了测序,以分析和区分感染的并发症。”华大基因首席信息官金表示:“基因组比较、基因组组装、基因组注释和病毒核酸片段的系统分析是一个高密度计算过程。使用最新的高性能计算和基因组分析技术是提高分析效率的重要手段。这些设备和技术将加快新型冠状病毒感染者的快速鉴定和病毒基因组特征的研究,为新型冠状病毒的准确诊断、治疗和疫情防控提供有力支持。”

(科技日报玖富娱乐代理 刘艳)

标签

发表评论

发表评论

%d 博主赞过: